СМА се характеризира с мускулна слабост и атрофия на скелетната мускулатура в резултат на прогресивна дегенерация и необратима загуба на мотоневроните на предния рог в гръбначния мозък и ядрата на мозъчния ствол. Слабостта е симетрична, прогресираща и по-изразена проксимално. Налице е и булбарна слабост в по-напредналите фази на заболяването. Характеризира се със слабост на междуребрените дихателни мускули при относителна съхраненост на диафрагмата, което води до „камбаноподобна“ форма на гръдния кош и парадоксално дишане. При формата с начало в детска възраст са налице мускулна хипотония и слабост при по-леко проявени булбарно и дихателно засягане. Когнитивните способности не са засегнати и се съобщава, че пациентите имат средна до над средната интелигентност. Естественият ход на СМА зависи от фенотипните вариации, които се класифицират клинично в „типове“. ¹

Известни са 5 типа СМА - тип 0, I, II, III и IV, които се различават по броя копия на SMN2 гена, възрастта на изява на първите симптоми и тежестта на протичане. Колкото по-рано се изяви заболяването, толкова по-лоша е неговата прогноза. ¹

СМА тип 0 е най-рядката форма на заболяването и се проявява с мускулна слабост вътреутробно или през първите дни след раждането. Проявена вътреутробна хипотония се изразява клинично при раждане със ставни деформации и контрактури. Новородените са със силно намален мускулен тонус на крайниците и дихателната мускулатура, което налага интубация веднага след раждане. Гълтателните нарушения налагат и постяването на гастростома. Често се съчетава с вродени сърдечни малформации. Повечето пациенти, диагностицирани със СМА тип 0, загиват още вътреутробно или в първия месец след раждане. ²

СМА тип I (болест на Werdnig-Hoffmann) е най-тежката форма на заболяването. Клиничните симптоми започват преди 6-тия месец и се изразяват с генерализирана мускулна хипотония и загуба на сухожилни рефлекси. Възможно е още при раждането да има артрогрипоза (позиционна деформация на крайниците с контрактури на най-малко две стави). Палпаторно мускулите са хипотрофични и отпуснати, движенията са непълноценни и забавени. Наблюдават се фасцикулации на езика и пръстите на ръцете. Гръдният кош е често  деформиран, с разширени междуребрени пространства, дължащи се на слабостта на междуребрената мускулатура. Налага се приложение на апаратна вентилация - CPAP.  Тези деца не постигат самостоятелен седеж. За превенция на регургитации се поставя гастростома. Без провеждане на специфично лечение, пациентите загиват до 2-годишна възраст. ³

СМА тип II (болест на Dubowitz) започва своята изява между 6 и 18 месечна възраст. Пациентите са постигнали седеж, но не успяват да се изправят самостоятелно и да проходят. При прогресия на заболяването е възможен регрес в развитието на детето, който се характеризира с появата на нестабилност и в седнало положение. СМА тип II протича със симетрична двигателна слабост, по-силно изразена в долните крайници, генерализирана хипотония и арефлексия. Прогнозата е по-добра спрямо предходните форми, но се влияе главно от засягането на респираторната мускулатура. Преживяемостта е намалена, но по-голяма част от засегнатите доживяват юношество или млада възраст. ⁴

СМА тип III (болест на Kugelberg-Welander) се проявява след 18-месечна възраст. Децата прохождат, но изпитват затруднения при изкачване на стълби, тичане и скачане. Характерни са мускулната хипотония, халтавост на ставите и липсващи сухожилни рефлекси. Прогресията на заболяването се изявява със загуба на възможността за самостоятелен изправен стоеж и ходене, което може да доведе до доживотна инвалидизация. Често се съчетава със сколиоза и слабост в дихателната мускулатура. Въпреки това пациентите са със запазена продължителност на живот. ⁵

СМА тип IV е рядко срещана форма, която се изявява в зряла възраст. Протича със слабо изразена мускулна слабост, тремор, скованост и мускулни крампи. Не се наблюдават отклонения в респираторната функция. ⁵

Бавно наддаване на тегло със забавен растеж, рестриктивно белодробно заболяване, сколиоза, ставни контрактури и нарушения на съня са чести усложнения на СМА при пациенти, които не получават ранно или предсимптоматично лечение, а само поддържащи грижи. ²

Респираторни

При децата със СМА тип I и II (и по-рядко тип III), които са подложени само на поддържащо лечение, се наблюдава прогресивен спад в белодробната функция, поради комбинация от отслабена дихателна мускулатура и понижен комплайънс на гръдната стена и белите дробове. Дихателната недостатъчност е най-честата причина за смърт при СМА тип I и II. Понижената дихателна функция води до затруднено откашляне и невъзможност за изчистване на секретите от долните дихателни пътища, хиповентилация по време на сън и рецидивираща пневмония.²

Ортопедични

Сколиозата, сублуксацията на тазобедрените стави и ставните контрактури са често срещани усложнения при лица със СМА. Сколиозата е основен проблем при повечето хора със СМА тип II и при половината от тези със СМА тип III. Приблизително 50% от засегнатите деца развиват гръбначни изкривявания с кривина повече от 50 градуса (изискваща операция) преди навършване на десет години. Прогресивната сколиоза уврежда белодробната функция и може да доведе до намален сърдечен дебит. ²

Гълтателни и стомашно-чревни

Булбарната парализа е характерна при пациенти със СМА тип I, като по-късно може да се развие и при СМА тип II и III. Стомашно-чревните проблеми могат да включват запек, забавено изпразване на стомаха и потенциално животозастрашаващ гастроезофагеален рефлукс с аспирация. Често е необходимо поставянето на гастростома. ²

Метаболитни

Потенциално усложнение на СМА е тежка метаболитна ацидоза с дикарбоксилна ацидурия и ниски серумни концентрации на карнитин в периоди на продължително гладуване. Не е известно дали тези метаболитни аномалии са първични или вторични спрямо основния дефект при СМА. ²
Пациентите с тип II и тип III СМА развиват често метаболитен синдром със затлъстяване и нарушен глюкозен толеранс, в резултат от обездвижването и намаления разход на енергия. ⁷