1.  Клинично изследване на болния с т.нар. физикални методи:

Анамнеза. За синдрома на Вегенер се уточнява:
 

• Дали началото е с нехарактерни оплаквания от отпадналост, лесна уморяемост, температура, мускулни и ставни болки и скованост, без видими ставни промени, раздразнителност, психическа напрегнатост и др.
• Има ли възпаление със секрет и кървене от носа, невлияещо се от лечение с антибиотици
• Появяват ли се труднозаздравяващи и труднолечими язви по носната лигавица
• Налице ли са кашлица, кръвохрак, болки в гърдите
• Появяват ли са отоци по лицето, побледняване и др.
• Понякога се установяват кожни симптоми като левкоцитокластичен васкулит, пурпура, язви и възли²

Обективно изследване:
 

• При огледа се установява увреденото общо състояние на болния. Той е блед и има “измъчен” вид, изглежда отпуснат, изнемощял, отпаднал.
   

В напредналия стадий на болестта се установяват отоците по лицето.³
 

Оглеждането на носната лигавица се извършва от специалист по ушни, носни и гърлени болести.
 

• Чрез другите физикални методи: палпация (опипване на части от тялото и органи на болния), перкусия (пречукване) и аускултация (преслушване) се установява състоянието на вътрешните органи.³
   

2.  От лабораторните изследвания най-често срещаните отклонения при синдрома на Вегенер са:
 

• анемия
• ускорена СУЕ – обикновено 60-80 и повече мм/час (показател за активен възпалителен процес)
• С-реактивен протеин (показател за активен възпалителен процес)
• повишение на уреята, креатинина и пикочната киселина в кръвта при напредване на бъбречните промени
• наличие на белтък и кръв в урината
• ниски нива на албумин в кръвта
• положителни пАНЦА и цАНЦА. Специфично за синдрома на Вегенер е второто антитяло, а първото може да се установи и при други васкулити, нефрити и др.
• положителен резултат при АНА скрининг
   

3. При образната диагностика на заболяването основно се използва компютърна томография (КТ) и позитронно-емисионната томография (ПЕТ скенер), както и ядрено-магнитен резонанс (ЯМР). КТ се използва за характеризиране на проявите на ГВ и предоставя висока диагностична ефективност при патология на параназалните кухини. ЯМР е най-полезен при сърдечните, енцефаличните и очните прояви на ГВ. КТ и ПЕТ скенерът не могат да визуализират васкулита на малките кръвоносни съдове, но могат да покажат възпаления в тъканите и да диференцират възпалителна грануломатозна тъкан. ²

4. Най-често биопсия се взима от възел или паренхима на белия дроб при пациент с  алвеоларен кръвоизлив. Биопсията на белодробен възел може да покаже гранулом, в който кръвоносните съдове имат васкулит. Може да бъде взета биопсия от носната лигавица, но тя е по-малко информативна от белодробната. Бъбречна биопсия трябва да се вземе, когато се появят бъбречни симптоми. Тази биопсия се използва за установяване на извънкапилярен гломерулонефрит и дискретни знаци на васкулит.⁶
 

Сега общоприети при диагностицирането на синдрома на Вегенер са критериите на Американската колегия по ревматология (АКР) от 1990 г.:
 

1. Наличие на болезнени или неболезнени язви по лигавицата и гноен или кръвенист секрет от носа.
2. Наличие на възли или уплътнения в белия дроб.
3. Наличие на кръв или червени кръвни клетки в урината.
4. Наличие на грануломатозно уплътнение в стената или в околосъдовото пространство на голяма или по-малка по размер артерия.
    

Диагнозата се поставя с голяма достоверност, ако болният изпълва минимум два от четирите критерия.²